Membantu Kepala Badan di bidang pelayanan administrasi, umum, kepegawaian, dokumentasi, tatalaksana dan keuangan, penyusunan program, data, informasi, pemantauan, evaluasi dan pelaporan. Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris.
Pelaksana teknis di bidang Perencanaan Pembangunan Keistimewaan Aceh dan Sumber Daya Manusia, kebudayaan, kelembagaan, kependudukan, agama, pendidikan, kesehatan, pemberdayaan masyarakat, perempuan, perlindungan anak, pembinaan dayah, pemuda dan olahraga.
Melakukan penyusunan kebijakan teknis, program, dan anggaran penelitian dan pengembangan bidang sosial, ekonomi, pembangunan, pemerintahan, serta fasilitasi inovasi, teknologi dan koordinasi pembangunan ekonomi, infrastruktur dan pengembangan wilayah.
Menghimpun bahan kebijakan teknis sistem evaluasi, pengendalian & pelaporan kegiatan terhadap pengendalian, perumusan kebijakan perencanaan & evaluasi terhadap hasil rencana pembangunan daerah.
Melakukan penyiapan bahan koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan penelitian dan pengembangan pemerintah daerah, serta fasilitasi dan penerapan bidang inovasi dan teknologi.